Η αντιπαράθεση δωδεκαθέου – Ορθοδοξίας, παρά τις ενδιαφέρουσες πλευρές της, έχει το μειονέκτημα να υπερκαλύπτει την ίσως σημαντικότερη πραγματική αντίθεση της ιστορίας του πολιτισμού μας, αυτήν της ελεύθερης σκέψης με τη δογματική σκέψη, δηλαδή της φιλοσοφίας με τη θρησκεία.

Η μορφή που πήρε η αντίθεση φιλοσοφίας – θρησκείας την εποχή του μονοθεϊσμού ήταν αυτή της αντίθεσης Λόγου και Αποκάλυψης.

Η φιλοσοφία δυσκολεύεται να επιβιώσει μέσα στην επικράτεια της πολιτικά ισχυρότερης θρησκείας. Η ίδια η ύπαρξη της φιλοσοφίας αποτελεί ύβριν στα μάτια της θρησκείας. Ειδικά στην ιστορία του μονοθεϊσμού -είτε του Ανατολικού χριστιανικού είτε του μωαμεθανικού είτε του Δυτικού χριστιανικού- η φιλοσοφία ήταν υποχρεωμένη να χρησιμοποιήσει πολλές διαφορετικές μεταμφιέσεις ώστε να μη δώσει εύκολο στόχο στον θρησκευτικό φανατισμό. Μερικές φορές η προσπάθεια της φιλοσοφίας ήταν επιτυχής, άλλες πάλι το αντίθετο.

Τα βιβλία του Αβερρόη που κάηκαν από τον Εμίρη της Κόρδοβας, οι πλατωνικοί φιλόσοφοι που εξορίστηκαν από τους ορθόδοξους και ο Giordanno Bruno που κάηκε ζωντανός από τους καθολικούς είναι αψευδείς μάρτυρες της άνισης αντιπαράθεσης Λόγου και -θείας- Αποκάλυψης.